丘巨源,南朝齐兰陵人。宋初土断属丹阳,后属兰陵。巨源少举丹阳郡孝廉,为宋孝武所知。大明五年,敕助徐爰撰国史。帝崩,江夏王义恭取为掌书记。明帝即位,使参诏诰,引在左右。自南台御史为王景文镇军参军,宁丧还家。